Thomas Anderson (Keanu Reeves) lebt ein normales Leben, arbeitet für eine große Firma und geht regelmäßig zur Therapie, wo sein Therapeut (Neil Patrick Harris) versucht, ihm seine Traumata auszutreiben. Denn Thomas hat Probleme damit, Realität und Fiktion auseinanderzuhalten. Er kann doch nicht wirklich einst als Auserwählter Neo in den Krieg gegen die Maschinen gezogen sein, oder? Mithilfe von Medikamenten (jeder Menge blauer Pillen) gelingt es Thomas Anderson jedoch, ein geregeltes Leben zu führen. Doch dann trifft er eines Tages in einem Café auf eine Frau namens Tiffany (Carrie-Anne Moss), die ihm irgendwie bekannt vorkommt, die ihn allerdings nicht zu erkennen scheint. Doch Thomas ist sich sicher: Hier ist irgendetwas faul – und er wird herausfinden, was…